Fernando si hace los recibos a nombre de una empresa dejará de ser un alquiler de vivienda desde el puento de vista de la Agencia Tributaria, con lo cual tendrá que facturar con IVA e ingresar trimestralmente ese IVA, y lo que es peor no podrá acogerse vd a la reducción del alquiler de vivienda en el IRPF.
No obstante es un tema poco pacífico como puede ver en este enlace:
IVA en alquiler a empresa para vivienda de su empleado Pedro Hernández Olmo, abogado