Al cumplir el tercer año, es decir en Junio del 2018, podrá subirte el alquiler, o no prorrogarte, pero hasta entonces, solo puede subirte lo que marque el ipc, y puedes calcularlo en este enlace.
http://www.ine.es/calcula/ En cuanto a los arreglos, debes notificarle los desperfectos y la necesidad de la reparación de forma fehaciente (que quede constancia de ello), y si no lo repara, darle un tiempo prudencial y un presupuesto para subsanarlos, a ver si accede a descontarlos del alquiler, y si no, deberás reclamarlos por la via judicial, Lo que se decidam todo por escrito. Saludos Óscar