Buenos días,
Lo que le esta proponiendo su arrendadora es realizar un nuevo contrato al vencer los tres años más el año de prorroga...al ser un nuevo contrato las condiciones económicas quedan supeditadas a la negociación entre las partes (la propiedad puede pedir lo que considere y usted puede decidir buscar cualquier otra cosa si no esta conforme)...Si tiene previsión de permanencia, es mejor para usted un nuevo contrato puesto que le da la opción de estar, al menos, otros tres años. En caso de no tener claro este punto, igual le compensa buscar otra cosa, pero es muy posible que le exijan una permanencia de 6 meses puesto que así lo dice la LAU94...
Respecto a la deducción que comenta, lea esta consulta vinculante dada por
Amparo BB en una anterior pregunta
http://www.fiscal-impuestos.com/sites/fiscal-impuestos.com/files/NFC060122.pdf le puede servir de ayuda.
Un saludo!