Un contrato de arrendamiento de vivienda, supongo, firmado en 1998 tiene/tenía prórroga a favor del inquilino hasta 2003, pasados tres años desde esa fecha el dueño puede darlo por terminado al finalizar cualquiera de las siguientes prórrogas tácitas. No se convierte en indefinido, no existe esa figura en el Derecho español, salvo en el ámbito laboral.
Solamente cabe interpretar, habría que examinar el contrato, que si se ha producido una importante subida en la renta, se trate de un contrato nuevo y por tanto se haya reiniciado la prórroga de 5 años.
En mi blog, cuya lectura le recomiendo,
pedrohernandezabogado.blogspot.com estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente.