Hacienda "no pone pegas" lo que suele ocurrir es que te mandan una "paralela" dando de baja lo deducido indebidamente con intereses y sanción. Tiene 4 años para ello.

Hola, llevo dos años haciendo la declaración de renta incluyendo el alquiler que pago de un piso que he alquilado fuera de mi ciudad y aparte tengo un piso alquilado en la misma ciudad de mis padres y no estoy empadronada en el, si no en casa de mis padres y en hacienda consta que mi domicilio fiscal es ese y en ningún momento me han puesto pegas. Es mas, pregunte en hacienda y me dijeron que no tenia que ver. De todas formas si vas a hacienda te informaran mejor, a lo mejor la persona que me lo dijo no tenia ni idea.

Si puedes tener motivos de preocupación, si te estás deduciendo por alquiler de vivienda y tu domicilio fiscal está en casa de tus padres.

En http://pedrohernandezabogado.blogspot.com/  estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente

El alquiler no se acredita con el empadronamiento, sino con el propio contrato. Solo el municipio en el que resides podría obligarte a actualizar el empadronamiento, pero no lo suelen hacer hasta que se produce la revisión quinquenal del Padrón. No tienes motivos de preocupación.