No hace falta hacer un contrato nuevo, pero si hacer algo más "oficial" que un email (para hacer comunicaciones oficiales deberías evitar mandarlos fax, emails, fotocopias, etc, ya que no tienen tanta validez).

Lo que he se suele hacer es que el propietario manda una carta manuscrita, diciéndo que "según la cláusula X del contrato, el mes de diciembre (el próximo al de la carta), la rentá mensual pasa a ser de tantos €. Adjunto os mando las tablas del IPC"

Y en una segunda hoja se manda las tablas del IPC, los cálculos de como se ha obtenido la nueva renta y la explicación de cómo se hace.

Toda esa infortación lo puedes encontrar en los siguientes links (por tu pregunta deduzco que ya tienes todo esto, pero por si acaso, te los pongo):

http://www.ine.es/prensa/ipc_tabla.htm
http://www.ine.es/daco/daco42/daco421/lau.htm
http://www.ine.es/calcula/index.do?L=0

No olvides poner la fecha y tu firma en la carta.

Si quieres que el escrito sea todavía más oficial, lo puedes mandar por burofax. Así queda constancia de cuando lo han recibido (aunque ahora, como les bajas el alquiler no creo que tengas ningún problema).

También lo del anexo al contrato, firmado por las dos partes es una buena opción. Pero eso quiere decir que tendrías que desplazarte hasta el inmueble, ver cuando os viene bien a todos..., etc.

Es que si no hacéis un anexo al contrato, en teoría, tú dentro de un mes le puedes demandar por impago de renta (al pagarte de menos) y pedir el desahucio.
Como los mails no son válidos en un juicio, es por lo que tu inquilino se sentiría más seguro si lo ponéis en un papel y lo firmáis.