Si no quiere emitir factura si podría hacerlo, pero hay que tener en cuenta que también es necesario el registro del mismo en la comunidad autónoma. En muchas comunidades el registro es telemático y se necesita una firma electrónoca...

Los precios por la certificación no son muy elevados, si prefieres que un profesional te la realice actualmente ya existen múltiples páginas donde conseguir presupuestos 

Es algo similar a si yo redacto gratuitamente un contrato a un familiar mío, o un médico opera de apendicitis a uno suyo, no veo otro problema que la aeat le aplique la 'teoría de las operaciones vinculadas'.

en mi blog http://www.pedrohernandezabogado.com/ puede encontrar más información sobre estos temas y si prefiere una atención personal y directa, con un pequeño gasto controlado por vd. ,   puede hacerlo llamando al teléfono, 807 520 008 (Coste de la llamada: 1,21€ por minuto desde teléfono fijo y 1,57€ por minuto desde móvil).

Pero si se trata de un familiar y no se quiere factura, ¿se puede hacer el certificado sin emitir factura?

Gracias

Sí puedes pero tendrás que darte de alta para poder emitir facturas.