En principio no; si realizas declaración de renta sólo pondrás como vivienda habitual una (en la que realmente residas) y ese es el dato que le figurará a la A.T. , otra cosa es que te quieras practicar la deducción y pongas que has pagado más de alquiler en el ejercicio que tus ingresos totales (va a cantar un poco).

Si los 2 contratos los han gestionado a través del organismo de vivienda de tu C.A. les figurarás en su base de datos por duplicado, pero esos datos no tienen por que cruzarse con Hacienda, lo único que se me ocurre es el de posibles impedimentos a la hora de solicitar ayudas para el alquiler.

La Agencia Tributaria perfectamente puede iniciar contra Vd. un procedimiento de inspección si comprueba que Vd. gasta más de lo que gana ... Es fácil imaginar que Vd. obtiene dinero en B (aunque no sea la realidad de su caso; es lo que aparenta); Vd. tendrá que acreditar de dónde obtiene esas rentas qu le permiten pagar los arrendamientos que menciona ...

Directamemente no, pero puede resultar chocante para la AEAT esa situación y poner en marcha una comprobación.