Sólo para clarificar cosas, en este caso el alquiler con opción a compra está libre de IVA porque se trata de una vivienda de segunda mano. En viviendas de más de dos años en segunda entrega la exención de IVA alcanza tanto al arrendamiento como a la venta.
Pero si se tratase de una vivienda nueva, de primera entrega sí que se debe aplicar IVA, tal como explica Juan en estas respuestas que puedes leer aquí:
http://www.enalquiler.com/comunidad-alquiler/alquiler-opcion-compra/como-tributa-alquiler-opcion-compra-hay-prima-inicial_10252.htmlhttp://www.enalquiler.com/comunidad-alquiler/alquiler-opcion-compra/pisos-en-alquiler-con-opcion-a-compra-pagar-iva_1135.html