El IVA abonado en cada mensualidad de alquiler no se descuenta del precio de venta, sino del IVA que haya que pagar en su día por el precio de venta.

Art. 78 LIVA
1. La base imponible del impuesto estará constituida por el importe total de la contraprestación de las operaciones sujetas al mismo (...)
2. En particular, se incluyen en el concepto de contraprestación (...) Los tributos y gravámenes de cualquier clase que recaigan sobre las mismas operaciones gravadas, excepto el propio Impuesto sobre el Valor Añadido.

No, no es correcto. Hay unas respuestas detalladísimas de Juan, que le recomiendo que consulte.

"Quiero comprar una vivienda nueva en alquiler con opción a compra. ¿Debo pagar IVA en las mensualidades de alquiler?"

Si la vivienda tiene menos de dos años, y usted es su primer ocupante, el arrendamiento estará sujeto al IVA, al tipo del 16%, y si ejercita la compra el tipo al que estará sujeto es del 7%, procediéndose a compensar las cuotas de IVA ya pagadas con el IVA total que deba pagar por la compra.

Si la vivienda tiene más de dos años, o usted no es su primer inquilino, su contrato de arrendamiento no estará sujeto a IVA.

Un saludo.