Opino como tú.
No aceptes que se anote ese "desperfecto" en el documento de fin de contrato, y si insiste, anota que obra en tu poder autorización del arrendador de fecha tal para efectuar esos taladros.
Ah, relee bien la autorización no vaya a ser que diga algo así como "autorizado a condición de que cuando se marchan lo dejen en su estado anterior", que es como si no lo hubiese autorizado.. (Visto lo visto y leído lo leído en esta web... hay de todo en la viña del Señor)
Saludos
http://sites.google.com/site/papeleosalquiler/