Todos los ingresos que obtengamos, por rendimientos del trabajo, o de los bienes muebles o inmuebles, deben ser declarados a Hacienda.
Si alquilas una habitación en tu casa, es muy probable que el inquilino desee empadronarse, para, por ejemplo, acceder al centro de salud más cercano.
Pero no veo en qué puede perjudicarte.
Si el inquilino no paga, y tampoco se va por las buenas, tienes que demandarle para que sea expulsado por una orden judicial.
Deberías hacer un pequeño contrato de voluntades, en el que figure el plazo del arriendo, la fianza, cuándo se devuelve la fianza, el precio, las normas de convivencia, etc.
En mi página web, tengo un modelo de contrato de alquiler de habitaciones que puede servirte de muestra.
http://sites.google.com/site/papeleosalquiler/