Tú puedes empadronarte tranquilamente sin que la casera pueda siquiera oponerse, ni siquiera tienes que decírselo previamente. Tú tienes que empadronarte en ese piso para demostrar que vives ahí, y que es tu vivienda habitual. No creo que sea tarde para desgravar, pero si aportas alguna documentación que demuestre que llevas más tiempo viviendo ahí del que llevas empadronado (por ejemplo, facturas de teléfono a tu nombre, pide las más antiguas que tengas viviendo en ese piso) debería ayudar a ello.