En tema de traspaso le recomiendo la lectura de
http://pedrohernandezabogado.blogspot.com/2008/10/existe-en-la-actualidad-el-derecho-de.html
En cuanto a la pregunta 2, considero que dependerá de la redacción que le den a esa cláusula, puesto que puede ser o no un acuerdo legítimo.
3.- Sí, pero debe pactar el importe de esa indemnización en el propio contrato para evitar sorpresas.