Los efectos del silencio administrativo están regulados principalmente en la Ley 30/1992, en el caso que nos ocupa debiera reiterar la petición y si no contestan entiendo que puede considerarse una denegación por silencio adminitrativo que haría necesario acudir a lo contencioso.
También podría solicitar que se le expida un certificado de silencio administrativo positivo en el sentido de considerar concedida la cédula de habitabilidad.
Todo depende de la redacción de la petición inicial.
En mi blog, cuya lectura le recomiendo,
pedrohernandezabogado.blogspot.com estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente.