Nadie ....
nadie tiene por qué saber si estás empadronado en un sitio o no.
La agencia no va a devolverte el dinero porque ella ha cumplido su trabajo...
Dí al propietario que no vas a empadronarte, y luego si lo deseas, pues te empadronas, que es lo normal.
Con la solicitud de empadronamiento que te darán en el Ayuntamiento, el contrato de alquiler a tu nombre y tu documento de identificación, es suficiente para empadronarte (Al menos en Madrid)
http://www.munimadrid.es/portal/site/munimadrid/menuitem.236ae1c4f6e0b0aa7d245f019fc08a0c/?vgnextoid=518cdd9d6baed010VgnVCM2000000c205a0aRCRD&vgnextchannel=a17ab50a716d7010VgnVCM100000dc0ca8c0RCRD