El contrato y claúsulas no están pasadas por Registro de la Propiedad.
Entiendo que hay ilegalidad por parte de la dueña.
Entiende usted mal. Los contratos privados (la mayoría lo son) no se pasan por el registro de la propiedad.

La fianza  pagada en la firma del contrato. Es cierto que el importe de la fianza se regualriza con el IPC ?

A partir del 4º año la fianza ha de hacerse igual a la mensualidad de ese momento.
La limpieza escalera la he pagado yo siempre y creo que no me correspondía.

Le corresponde si así se pactó.

Existe  un mínimo de preaviso para dejar el piso'?

Si, Un mínimo de 30 días.