Buenos días,
En principio los dos problemas que puede tener son, una inspección del ITP, y por otro lado algún problema con el método de pago en función de no poder justificar la procedencia...
Decirle que a día de hoy (tiempo al tiempo), no existe una robotización de datos tal que asocie todo esto que comenta.
Si no hay problema con el método de pago, no veo inconveniente en hacer el contrato retroactivamente. En caso que tenga miedo a una inspección no tiene mas que presentar el ITP fuera de plazo, son importes relativamente pequeños.
Por último decirle, aunque sea una obviedad, que la mejor forma de que no surjan estos problemas es hacer las cosas de forma correcta desde el inicio.
Un saludo.
PdC Sociedad Inmobiliaria