Xia no veo problema alguno en pactar, por escrito, una compensación de parte del alquiler con parte de la fianza adicional depositada, convendría que lo redactara un abogado, especificando la duración y el importe.
En
http://www.pedrohernandezabogado.com/ , donde tiene abundante información sobre estos temas, estoy a su disposición por si le puedo ayudar profesionalmente