Yo creo que deberías ir directamente a fomento de alquiler y exponer el tema. ya te informarán si puedes solicitar la ayuda o si ya está solicitada para cambiar el número de cuenta. Igualmente les llevaría copia del contrato de alquiler por si te lo pueden mirar para ver esas irregularidades.
Esta sería la pág Web de fomento donde informan de los 2 tipos de ayudas que existen.
http://www.juntadeandalucia.es/viviendayordenaciondelterritorio/www/jsp/estatica.jsp?pma=4&ct=5&e=vivienda/fomento_alquiler.html Suerte!