Lo que he leído sobre las ayudas de la comunidad de Madrid para padres separados tenía fecha de 2006, así que supongo que ya no las están dando ... No obstante, más recientemente el Ministerio de Vivienda anunció su intención de estudiar la posibilidad de conceder ayudas directas a "singles, separados y divorciados" para que puedan alquilar una casa. Puedes ver las noticias que hacen referencia al tema aquí:
http://www.expansion.com/2008/04/28/economia-politica/economia/1117164.html
http://www.elmundo.es/elmundo/2008/04/28/suvivienda/1209383664.html
http://www.cincodias.com/articulo/economia/Vivienda-plantea-ofrecer-ayudas-alquiler-personas-separadas/20080428cdscdseco_14/cdseco/Y en las ayudas para inquilinos incluidas en el nuevo plan de Vivienda estatal 2009-2012 se incluye a las "personas separadas o divorciadas, al corriente del pago de pensiones alimenticias y compensatorias, en su caso." como un colectivo preferente para recibir la ayuda al alquiler. Puedes verlo en el Real Decreto 2066/2008, de 12 de diciembre, por el que se regula el Plan Estatal de Vivienda y Rehabilitación 2009-2012:
http://www.boe.es/boe/dias/2008/12/24/pdfs/A51909-51937.pdf