Entiendo que para la empresa, en cualquier caso será gasto deducible y estará obligada a practicar retención de IRPF, salvo que ese dinero lo pague al arrendador de su empleado. La lectura de esto les puede ampliar:
El alquiler como retribución en especie RENTA2016: El alquiler como retribución en especie (2) Pedro Hernández Olmo, abogado